Con este método conseguimos convertir la base de datos y el código php a utf8 de forma rapida

En local

Realizado script para hacer la conversión lo más rápido posible

#!/bin/bash

## Primer paso es pasar el archivo con la copia de la base de datos a utf8
##
## pasamos el archivo como primer parámetro al script, y se generara un archivo
## con el mismo nombre + -utf8.sql
##
## Una vez obtenido el archivo comenta las lineas hasta el exit incluido.
##
## Nos situamos en el directorio del proyecto y ejecutamos el script para comenzar 
## la transformación de los archivos php, js, html y .htacces

## Modificar codificación de base de datos

   bd=totbisbalU8
   usuario=root
   pass=`contrasenya mysql`

   fichero_latin="$1"
   fichero_utf8="${1}-utf8.sql"

   cp "$fichero_latin" "$fichero_utf8"
   # iconv -f LATIN1 -t UTF8 "$fichero_latin" > "$fichero_utf8"

   perl -pi -w -e 's/latin1/utf8/g;' "$fichero_utf8"

   perl -pi -w -e 's/à/à/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/é/é/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/è/è/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/í/í/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/ó/ó/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/ò/ò/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/ú/ú/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/ñ/ñ/g;' "$fichero_utf8"
   perl -pi -w -e 's/í‘/Ñ/g;' "$fichero_utf8"

   mysql -u$usuario -p$pass -e "DROP DATABASE $bd;"
   mysql -u$usuario -p$pass -e "CREATE DATABASE $bd CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;"
   mysql -u$usuario -p$pass $bd < "$fichero_utf8"

exit # Fin de la primera fase: Modificar codificación de base de datos

## Modificar códificación de archivos

   find . -regex ".*\.\(js\|php\|html\|phtml\)" -printf "%p\n" | while IFS=":" read file ; do
      echo - "$file"
      iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 "$file" > "${file}-utf8"
      if [ $? = 0 ] ; then
         mv "${file}-utf8" "$file"
      else
         echo - Error al pasar $file a utf8
         echo
         read -p "Continuar (s/n): " OPCION
         [[ "$OPCION" = "n" ]] && exit
      fi
   done

## Modificar código html

   find . -regex ".*\.\(php\|html\)" -printf "%p\n" | while IFS=":" read file ; do
      echo - "$file"
      sed -i -e "s/charset=iso-8859-1/charset=utf-8/g" "$file"
   done

## Modificar .htaccess

   find . -name '.htaccess' -printf "%p\n" | while IFS=":" read file ; do
      echo - "$file"
      sed -i -e "s/iso-8859-1/utf-8/g" "$file"
   done

Si mysql os da un error al importar la base de datos, es necesario ejecutar mysql en una terminal y ejecutar las dos sentencias siguientes.

set global net_buffer_length=1000000;
set global max_allowed_packet=1000000000;

En el servidor

Vamos a phpmyadmin para modificarle la codificación a utf8

Importamos el archivo en utf8

En el código php especificarle la codificación mediante:

mysql_query("SET NAMES 'utf8'");

Justo después de crear con la conexión en php con la base de datos.